Detekce patogenu má zásadní význam pro potvrzení diagnózy pneumocystózy. Hlavním materiálem pro vyšetření je sputum, bronchiální sekret, výplachy získané během bronchiální laváže nebo bronchoalveolární laváže, kousky plicní tkáně odebrané během transbronchiální, perkutánní nebo otevřené biopsie. Nejčastěji se kvůli závažnému stavu pacienta tyto manipulace neprovádějí, aby se předešlo komplikacím.