Všechna probiotika se dělí do několika skupin v závislosti na tom, co je základem klasifikace. Probiotikum může obsahovat několik složek, v tomto ohledu se rozlišují monosložkové přípravky, které obsahují pouze jeden specifický druh bakterií. Tyto mikroorganismy jsou nepochybně užitečné pro střeva, zejména pro mikroflóru.