Pacienty znepokojují následující příznaky klíšťové encefalitidy: bolest hlavy, celková slabost, malátnost, zimnice, pocit horka, pocení, závratě, bolest očních bulv a světloplachost, ztráta chuti k jídlu, bolest svalů, kostí, páteře, horních a dolních končetin, dolní části zad, krku a kloubů.