Krymská hemoragická horečka se odlišuje od jiných hemoragických horeček, chřipky, leptospirózy, meningokokemie, tyfu, chirurgických onemocnění se syndromem „akutního břicha“; a také od trombocytopenické purpury (Werlhofova choroba) s charakteristickým subakutním nástupem, absencí teplotní reakce, hemoragickou vyrážkou od malých petechií až po velké ekchymózy na ohybových plochách končetin, trupu, častým krvácením z nosu a jiným krvácením, hypochromní anémií, leukocytózou, trombocytopenií a absencí změn v kardiovaskulárním systému.
