Menstruační cyklus odráží aktivitu systému hypotalamus-hypofýza-vaječníky, která se projevuje strukturálními a funkčními změnami v reprodukčním traktu: děloze, vejcovodech, endometriu a pochvě. Každý cyklus končí menstruačním krvácením, jehož první den je považován za začátek cyklu.