Stanovení protilátek proti mikrozomální frakci štítné žlázy se používá k diagnostice autoimunitní tyreoiditidy a hypotyreózy, při kterých se zvyšuje hladina protilátek v krvi. Protilátky proti mikrozomům štítné žlázy tvoří imunitní komplexy na povrchu buněk, aktivují komplement a cytotoxické lymfocyty, což vede k destrukci buněk a vzniku zánětlivého procesu ve štítné žláze.